Le Coronavirus de Wuhan

Le nouveau Coronavirus de Wuhan, d’origine chiroptère, provoque une urgence médicale en Chine, mais non encore au- delà.

Sources : LeFil du 27 janvier 2020 d’après Vincent Dedet

  • Le nouveau Coronavirus passé à l’Homme fin 2019 et créant une situation sanitaire d’urgence en Chine est bien d’origine animale.
  • Plus précisément, il provient de chauves-souris (comme celui du SRAS), selon l’analyse des séquences génétiques de Coronavirus animaux connus.

  • Il n’est probablement pas passé directement à l’Homme, mais possiblement via une autre espèce animale (amplification), qui reste à identifier. 
  • Pour certains auteurs le serpent bongare rayé pourrait avoir joué un rôle, pour d’autres le vison…
  • Il reste que l’épicentre de cette émergence est le marché aux fruits de mer de Wuhan où de très nombreux animaux sauvages vivants étaient (illégalement) en vente. Et que la vente de toutes les espèces sauvages vivantes a été suspendue dans toute la Chine.

Ce 28 janvier au soir, le bilan actualisé des infections humaines par le nouveau Coronavirus identifié plus tôt ce mois-ci dans la ville de Wuhan (province du Hubei, Chine) et baptisé 2019-nCoV est de 4500 personnes contaminées principalement en Chine et de 106 décès pour l’instant exclusivement en Chine, selon l’OMS. L’augmentation rapide du nombre de cas montre que le pic épidémique est loin d’être atteint, d’autant que :

  • le ministre chinois de la Santé a précisé, repris par la BBC, que le virus se transmet pendant l’incubation (2 à 15 j), à la différence des Coronavirus du SRAS et du MERS (mais à l’image des virus de la grippe saisonnière).
  • un manuscrit d’article scientifique du 24 janvier, rédigé par des épidémiologistes de Hong Kong, détaille les données et calculs mettant à jour l’estimation du R0 du virus (il s’agit du nombre de personnes nouvellement infectées par une personne déjà infectée). Plus le R0 est élevé et plus le risque d’épidémie augmente. Le Ro est plus élevé actuellement qu’en début d’épidémie et il peut encore évoluer. A noter que le R0 du virus du SRAS était de 2,2 en fin d’épidémie, et que son taux de létalité était de 11 %, nettement au-dessus du virus actuel. Les autorités chinoises ont confirmé l’existence d’une transmission interhumaine à Wuhan mais aussi en dehors du Hubei (16 personnels soignants ont été confirmés infectés).

Marché aux fruits de mer

Le lieu de l’émergence de ce virus est connu : il s’agit du marché aux fruits de mer de Wuhan. C’est le marché de ce type le plus important de toute la Chine centrale ; il comporte plus de 1 000 étals de commerçants. Bien que ce soit illégal, il présentait de nombreux animaux sauvages vivants à vendre. Par exemple, un article récent de la presse taïwanaise en ligne, en chinois, présentait une affichette d’un commerce du marché de Wuhan sur laquelle figurent les photos et le prix de toutes les espèces d’animaux vivants qu’on pouvait acheter : cela allait de l’âne au cerf en passant par l’anguille, le porc-épic, le serpent ou le scolopendre… Une autre source y ajoute des chiens, des chats, des visons. Une autre publication – scientifique – rapporte la présence de chiroptères ou chauves- souris parmi les animaux sauvages en vente dans ce marché, au même titre que les « serpents, marmottes, volailles, oiseaux, grenouilles, hérissons et lapins ». Les premiers cas humains de pneumonie atypique sont apparus parmi les personnes fréquentant ce marché : 40 cas des 41 identifiés au 9 janvier y tenaient un étal ou y travaillaient, le 41ème cas étant l’épouse d’un des commerçants… jusqu’à ce qu’il tombe malade. Ce marché a été fermé par les autorités de la ville de Wuhan le 1er janvier et n’a pas rouvert depuis. Le 26 janvier, le ministre chinois de la Santé a interdit temporairement la vente de tous les animaux sauvages vivants en Chine.

Chiroptères et…

L’origine animale du nouveau virus est acquise, en particulier grâce à l’analyse phylogénétique de la totalité de sa séquence génomique. Il s’agit « d’un nouveau type de Coronavirus de chiroptères » relativement éloigné de celui ayant fourni le virus du SRAS, dont il diffère « par des variations significatives sur plusieurs gènes ». Il est moins apparenté au virus du SRAS qu’à des virus de chiroptères.

… serpents ?…

Les publications ultérieures ont confirmé l’origine chiroptère du virus, comme pour le virus du SRAS. Toutefois, ce dernier était passé par un “hôte intermédiaire” (la civette palmiste masquée) qui avait joué un rôle amplificateur dans la transmission initiale à l’Homme. Un tel hôte reste à identifier pour le 2019-nCoV, mais un article publié le 22 janvier évoque un passage par les serpents, Bungarus multicinctus (bongare rayé), Naja atra (cobra chinois). Les chercheurs estiment que « le serpent serait le réservoir sauvage le plus probable » ou qu’il pourrait avoir servi d’hôte intermédiaire. Ce qui a suscité des dénégations, dans un article d’actualité paru dans Nature dès le lendemain, où un virologiste brésilien souligne qu’il n’y a aucune preuve qu’un vertébré autre que mammifère ou oiseau puisse être infecté par un Coronavirus.

…et/ou visons ?

Les mêmes auteurs ont aussi identifié une recombinaison homologue entre « un Coronavirus de chiroptère [le parent du nouveau virus] et un autre Coronavirus d’origine animale inconnue ». Dans un manuscrit scientifique publié le 24 janvier des chercheurs identifient une parenté avec le Coronavirus du vison et suggèrent qu’un mustélidé puisse, tout comme les chiroptères, être un réservoir du virus.

Vétérinaires à risque

L’OMS a publié le 23 janvier des recommandations « pour réduire le risque de transmission de l’animal à l’Homme ». Elle y distingue deux groupes de personnes à risque. D’une part, les personnes présentant une affection chronique et d’autre part, « les employés d’abattoir, les vétérinaires en charge de l’inspection des animaux et des aliments sur les marchés, les employés sur les marchés et ceux manipulant des animaux vivants et des produits animaux ». Ils « devraient porter des gants, des tabliers, et des masques pendant ces opérations ».

Pas d’urgence… mondiale

L’OMS ne déclare pas pour l’instant l’état d’urgence sanitaire mondiale. Mais « ne vous méprenez pas, indique le directeur-général de l’organisme, c’est une urgence en Chine, mais ce n’est pas encore devenu une urgence sanitaire mondiale. L’évaluation du risque est “très élevé” en Chine et “élevé” aux échelles régionales et pour le reste du monde ».

A suivre… Le coronavirus reste sur haute surveillance ainsi que l’évolution de l’épidémie en Chine et dans le monde.

Cet article a été sélectionné et rédigé pour vous par le Dr CARRERE